Năm 1938, thực dân Pháp có chủ trương chiếm dụng đình, chùa làm đồn bót nhằm đàn áp phong trào yêu nước của nhân dân. Trước tình hình đó, hội đình buộc phải tạm thời giải thể, rước tượng thần về chùa Thanh Long để an vị. Do việc di dời vội vã, gấp rút dẫn đến nhiều tư liệu quý của đình bị thất lạc, công trình đình cũng bị hư hại nặng, chỉ còn lại nền móng và gạch vụn.

Đến năm 1952, khi tình hình tương đối ổn định, các vị cao niên trong hội đình đã làm đơn xin khôi phục lại đình tại vị trí cũ, đồng thời tiến hành sửa sang lại kiến trúc cho phù hợp với quy mô một đình làng truyền thống. Tượng ông cũng được thỉnh về an vị trở lại trong tín ngưỡng của nhân dân địa phương.

Trong giai đoạn này, hội đình còn tích cực tham gia đóng góp sức người, sức của cho phong trào đấu tranh giải phóng dân tộc. Năm 1960, chính quyền đương thời tiến hành bắt giữ 5 vị trong ban hội đình vì tình nghi có liên quan đến hoạt động cách mạng, gồm:

• Nguyễn Thành Nhơn – Hội trưởng
• Trương Văn Tập – Kiểm soát viên
• Trương Minh Thu – Thư ký kiêm Thủ bổn
• Nguyễn Văn Trinh – Hội viên
• Phan Văn Dũng – Hội viên

Họ bị giải về giao về quận Thủ Đức. Để khai thác cơ sở hoạt động cách mạng, chúng dùng nhiều thủ đoạn tra tấn nhưng đều thất bại, vì sự an toàn của tổ chức, cụ Nguyễn Thành Nhơn đã dùng dao tự sát trước kẻ thù. Những cụ còn lại phải chịu cảnh tù đày từ 1 đến 2 năm. Khi được tự do, họ lại tiếp tục hoạt động, bị dịch gán hội đình là “Hội Cộng Sản”. Đồng thời cho trưởng ấp Ngọc giám sát nhằm nắm bắt các hoạt động của hội.

Từ năm 1960 đến năm 1975, Đình Phong Phú tồn tại trong bối cảnh chiến tranh ác liệt và chịu sự kiểm soát nghiêm ngặt của chính quyền đương thời. Theo các tư liệu ghi nhận, đình là một trong những cơ sở tiếp tế lương thực và là nơi tập trung lực lượng quan trọng của cách mạng tại khu vực Thủ Đức. Nhiều hầm bí mật được xây dựng trong khuôn viên đình nhằm che giấu cán bộ và vận chuyển nhu yếu phẩm.

Trong đợt Tổng tiến công và nổi dậy Tết Mậu Thân năm 1968, Đình Phong Phú là điểm tập trung lực lượng, từ đó xuất phát tấn công vào các khu vực trọng yếu như Sài Gòn, Chợ Lớn và một số mục tiêu quan trọng khác. Sau các đợt đàn áp quy mô lớn, đối phương đã sử dụng máy bay, xe tăng và vũ khí hạng nặng, phá hủy nhiều cây cổ thụ trong khuôn viên đình và gây hư hại nghiêm trọng cho công trình. Tuy nhiên, tượng thần tại chánh điện vẫn còn nguyên vẹn, càng củng cố niềm tin và sự tôn kính của nhân dân đối với đình.

Năm Quý Sửu (1973), chính quyền xã Tăng Nhơn Phú tiếp tục đàn áp hội đình với cáo buộc tiếp tế cho cách mạng. Hội đình bị buộc giao nộp và niêm phong tài sản, đồng thời bị giám sát chặt chẽ bởi lực lượng vũ trang. Dù vậy, với tinh thần kiên định và sự mưu trí, hội đình vẫn âm thầm duy trì hoạt động hỗ trợ cách mạng. Đầu năm 1975, hội đình đã đóng góp 50.000 đồng để hỗ trợ bộ đội đón Tết cùng nhiều khoản đóng góp khẩn cấp khác, có biên nhận và được lưu giữ tại địa phương.

Hầm bí mật Đình Phong Phú – TP Thủ Đức, ảnh chụp 2025
(Nguồn: Nhóm nghiên cứu Trường THPT Nguyễn Văn Tăng)